Cafer Höyük, Malatya'nın Battalgazi ilçesinde, tarihi ve arkeolojik önemiyle dikkat çeken bir yerleşim alanıdır. Yaklaşık 40 kilometre mesafede bulunan bu höyük, Değirmendere kıyısında konumlanmıştı. Fakat günümüzde, bu kadim alan, Karakaya Barajı'nın sularıyla kaplanarak kaybolmuştur. Geçmişin izlerini taşıyan bu yer, bölgenin tarihine ışık tutmaktadır.
Cafer Höyük, Malatya il merkezinin yaklaşık 40 km kuzeydoğusunda, Battalgazi ilçesinde, Değirmendere kıyısında yer almaktaydı.
Ancak, höyük günümüzde Karakaya Barajı suları altında kalmıştır.